Създател е на групата лечебни заведения „Медика“. Преподава в Русенския университет, където е зам.-ръководител по научното и кадрово развитие в катедра „Медицински и клинико-диагностични дейности“ към факултет „Обществено здраве и здравни грижи“. От 2017 г. „Медика“ е университетска болница и предоставя база за клинично обучение на студенти и докторанти по медицина, здравни грижи, както и за следдипломно обучение.
Със създаването на едно от най-авторитетните лечебни заведения в Северна България – „Медика“, той допринася за качественото развитие на здравеопазването в Русе. Въвежда множество иновативни лечебни практики, които са били непознати за региона. Като общински съветник в ОбС – Русе в мандатите 2007-2011 г., 2011-2015 г. и 2015-2019 г. е активен член на комисията по здравеопазване и социална политика, където също работи за подобряване на здравеопазването в Русе и развитието на общинските лечебни заведения. Удостоен е с приза „Лекар на годината 2024“ в категория „Принос за развитие и утвърждаване на авторитета на съсловната организация“. Четири мандата е зам.-председател и три мандата е член на УС на БЛС-Русе. Дългогодишната ръководна дейност на проф. Панайотов, съпроводена с висок морал и стремеж за подобряване на качеството на здравеопазването в България, оказва съществено влияние върху утвърждаването на Русе като здравен център.
Чрез инициативите на опитния специалист не само се повишава качеството на живот на русенци, а градът ни привлича редица пациенти от България, осигурявайки им първокласна медицинска помощ. Допринесъл е изключително много за авторитета и влиянието на съсловната организация. Проф.д-р Кирил Панайотов работи в полза на лекарската гилдия и здравето на пациентите и чрез участието си в Управителния съвет на Българската болнична асоциация от 2015 до 2021 г., а от 2024 г. е председател на Асоциацията по физикална медицина и рехабилитация, като дълги години преди това е бил член на нейния Управителен съвет.
